Le 27 septembre 1540, en dépit de l'opposition de nombreux cardinaux, le pape Paul III autorise la création d'un nouvel ordre religieux. Au départ, cet ordre est formé de quelques prêtres, originaires de différents pays d'Europe, mais diplômés de l'université de Paris. Selon leur désir, ils porteront le nom de toute-petite (minima, en latin) Compagnie de Jésus et ils resteront à la disposition du pape qui pourra les envoyer partout dans le monde y exercer toute espèce de travail. L'animateur et le fondateur de ce nouveau projet de " Compagnie de Jésus " était Ignace de Loyola. Ce Basque de naissance avait eu un cheminement déterminant, tant au plan spirituel qu'au plan humain; cela l'avait mené de la vie de cour, en Espagne, au service du pape et de l'Église, à Rome. Entre temps, il avait rédigé, à partir de son expérience propre, les Exercices spirituels, méthode de discernement et de croissance spirituels. C'est en cherchant à aider diverses personnes dans leur cheminement spirituel, avec cette méthode, qu'il fut amené à former le groupe des " premiers compagnons ", le noyau de ce qui allait être la Compagnie de Jésus.

Ces prêtres réformés -c'est le nom que le peuple chrétien leur donne d'abord - reçoivent bientôt le sobriquet de "Jésuites" qui finalement leur restera, comme celui de " chrétiens " donné aux premiers disciples du Christ. À la mort d'Ignace, en 1556, la toute-petite Compagnie qu'il avait fondée seize ans plus tôt compte plus de mille membres, à l'œuvre sur les cinq continents. Ce nouveau groupe était donc prêt à être dispersé aux quatre coins du monde, selon les missions reçues du pape. D'ailleurs, au moment même où la Compagnie est créée, l'un d'entre eux, François Xavier, est déjà parti, à la demande du Saint Père, pour l'Extrême-Orient. D'autres seront bientôt envoyés au concile de Trente comme théologiens; d'autres en Irlande et dans divers pays d'Europe en mission d'évangélisation ou de conciliation.